Området omkring Alcudia-bugten var befolket allerede i bronzealderen, omkring år 2000-1200 f.v.t., hvilket talrige spor efter den såkaldte Talaiot-kultur beviser. Siden herskede både romerne og vandalerne over området, men det var først da maurerne i år 902 e.v.t. erobrede øen, at området fik sit navn Alcudia, som betyder ”højen”.
Da araberne blev smidt på porten af den kristne kong Jaume I i år 1229, delte kongen øen i otte dele. Han beholdt selv de fire dele, og delte de fire øvrige – herunde Alcudia-området – ud til fremtrædende riddere. Omkring år 1300 blev der omkring byen Alcudia opført en mur, både for at beskytte byen og hele den nordlige region af øen. Muren omkring Alcudia var i gennemsnit seks meter tyk og forstærket med 26 små tårne. Der var oprindelig tre byporte, som selvfølgelig blev lukket ved mørkets frembrud og åbnet igen den følgende morgen. I dag er kun to af de oprindelige byporte tilbage, den østlige Xara og den vestlige Sant Sebastia. I 1500-tallet blev muren forstærket med fire bastioner, hvor de tre stadig er intakte. Det skulle senere hen vise sig ikke at være den sidste befæstning omkring Alcudia.
I begyndelsen af 1500-tallet, gjorde de fattige oprør mod herremændene, som måtte søge tilflugt indenfor murene, indtil kejser Karl V havde nedkæmpet oprøret. Oprørslederen Joanot Colom blev tortureret og halshugget, hvorefter hans hoved blev hængt op på en stage på Santa Margalida kirken i Palma. Byen Alcudias trofasthed mod kronen resulterede i, at den i år 1523 fik tildelt forskellige privilegier, såsom skattefritagelse og status af "trofast by".
Efterhånden som artilleri blev kraftigere, var de gamle mure ikke længere tilstrækkelige til at forsvare byen, og fra år 1598-1660 blev der bygget en ydre ring omkring byen. Den ydre mur havde fire byporte og otte tårne.
I år 1893 var frygten for ydre fjender væk, og man begyndte at nedbryde den ydre bymur. I dag er kun bastionen Sant Ferran intakt. Den står i nærheden af byens tyrefægterarena.
Alcudias beliggenhed nær kysten var handelsmæssigt en fordel, men også en ulempe, for de frygtede sørøvere slog til gang på gang. På trods af byens solide mure, oplevede den mange angreb og adskillige handelsmænd følte sig tvunget til at forlade byen. I de rolige år omkring år 1800 forsøgte man at skabe lidt fremgang i området ved et udbygge havnen og få ”genbefolket” byen. Der kom dog først rigtigt gang i genbefolkningen da man midt i 1950'erne byggede et elektricitetsværk ved havnen, som i dag forsyner hele øen.
Turister begyndte at invadere Alcudia i begyndelsen af det 20. århundrede, men det store boom kom først i 1970'erne. Det store marskområde Albufera blev drænet og store hotelkomplekser skød op. I 1980'erne eksploderede turismen, og i dag er Alducia-området helt og holdent afhængig heraf. Man anslår, at 80-85% af indtægterne stammer fra turisme. Byen har ca. 10.000 fastboende indbyggere, men mere end 30.000 hotelsenge.
I år 1997 blev Alcudia optaget på "UNESCO World Heritage List", som et monument af overordentlig stor betydning, og som eksempel på en arkitektur, som skildrer en vigtig periode i historien.