Ja, kirken har noget med den californiske by af samme navn at gøre. På en måde. Det vender vi tilbage til nedenfor. Først lidt forhistorie om kirken og klostret.
Efter at den catalanske konge og erobrer Jaumé I havde smidt maurerne væk fra Mallorca i år 1229, ankom også Franciskanerordnen til øen, nærmere bestemt til Palma. Her opførte de i år 1281 en kirke som de kaldte San Francisco, til ære for grundlæggeren af munkeordenen, den hellige Frans af Asissi. Efterfølgende (år 1286-1400) opførtes også et kloster i San Franciscos navn, lige ved siden af kirken. Dette kloster anses for at være et af de smukkeste klostre i hele Spanien.
En af Mallorcas store sønner er foreviget i form af en statue, der står udenfor klostret. Det drejer sig om Franciscanermunken og missionæren Junípero Serra, som også blev kendt som ”Californiens apostel” fordi han missionerede kraftigt på Amerikas vestkyst. Og her er vi så fremme ved navnefællesskabet mellem kirken og den store by af samme navn i USA. Det var nemlig under ledelse af Junípero Serra, at der i 1700-tallet blev oprettet en missionsstation ved navn San Francisco i Californien, hvilket senere blev til en hel storby. Så på denne måde er der en århundredelang forbindelse mellem den hellige Frans af Assissi, Franciscanermunkene på Mallorca og den amerikanske storby.
 Et kraftigt lynnedslag ødelagde i år 1580 en stor del af San Francisco-kirkens gotiske facade, samt en del af interiøret. Først i år 1618 begyndte restaureringen, som først var færdig i år 1700. Byggesager tog lidt lang tid dengang, men resultatet er den facade man kan se i dag.